可以在骶管麻醉或腰麻下進行，將探針自外口插入，沿瘺管走向由內(nèi)口穿出，在內(nèi)口處縛一橡皮筋或藥線引導(dǎo)穿過整個瘺管，一般術(shù)后10-14天左右被結(jié)扎的組織自行斷裂。肛瘺手術(shù)時掛線和掛皮筋效果差不多，沒有多大的區(qū)別，它們都是利用機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘺的方法，可以應(yīng)用有腐蝕作用的藥線，作用效果更加的明顯。如果結(jié)扎的組織較多，在3-5天后還應(yīng)當(dāng)再次扎緊掛線，通過掛線療法主要是防止肛門括約肌損傷，導(dǎo)致肛門失禁等嚴(yán)重的并發(fā)癥。

術(shù)后的換藥對于病情的痊愈也非常重要，若患者術(shù)后無法換藥，或傷口恢復(fù)情況不佳，未定期就診進行傷口情況評估，都可能會導(dǎo)致肛瘺復(fù)發(fā)。肛瘺手術(shù)后患者還是可能會復(fù)發(fā)肛瘺。即使肛瘺的手術(shù)處理得很好，但也只是完成一半的工作。